Fakultas Teknologi Pertanian resmi berdiri di dalam lingkup Unika Soegijapranata berdasarkan SK Nomor 155/DIKTI/Kep/1955 pada tanggal 5 Juni 1995. Pendirian FTP direncanakan oleh rektor pada saat itu yaitu Romo Sastrapratedja, SJ karena melihat potensi yang dimiliki oleh UNIKA. Kemudian rencana tersebut diimplementasikan oleh rektor selanjutnya yaitu Romo Paulus Wiryono, SJ. Sosok dibalik pendirian dan pengenalan FTP, yang dikenal dengan istilah “The Magnificent Seven” adalah Bapak dan Ibu dosen yang terkasih, Dr. A. Rika Pratiwi, M.Si. (Ibu Rika), Dr. Ir. B. Soedarini, MP. (Ibu Rini), Dr. Ir, Lindayani, MP. (Ibu Linda), Dr. Ir. Sumardi, M.Sc. (Bapak Sum), Dr. Ir. Ch. Retnaningsih, MP. (Ibu Nanik) dan Alm. Ir. Lucia Sri Lestari, M.Sc. (Ibu Lestari) yang bergabung satu persatu dengan latar belakang yang berbeda-beda dan semakin menguatkan FTP.

Selama tiga tahun sejak berdiri, FTP mengalami perjalanan yang tidak mudah, jumlah mahasiswa FTP tidak menunjukkan peningkatan. Oleh karena itu, mahasiswa, dosen dan Prof. Budi selaku dekan, melakukan inovasi untuk mengubah persepsi masyarakat awam mengenai keilmuan FTP agar lebih dikenal. Banyak hal yang dilakukan pada saat itu, antara lain mengambangkan produk ekstrudat yang diberi nama Power Snack dan menyelenggarakan kuliah berbahasa inggris.

Hasil kerja keras warga FTP kala itu berbuah manis, dengan meningkatkan jumlah mahasiswa FTP dari tahun ke tahun.Seiring berjalannya waktu, FTP semakin berkembang dengan dibukanya Program Studi Magister Teknologi Pangan (PMTP) pada tahun 2006 yang menjadi wadah bagi mahasiswa yang ingin melanjutkan studi di bidang yang sama. Selanjutnya FTP juga melakukan inovasi dengan membuka program konsentrasi Nutrisi dan Teknologi Kuliner pada tahun 2013 dan program konsentrasi Food, Beauty and Wellness pada tahun 2021.